Gereja SIB Donggongon telah dimulakan pada tahun 1984 bermula dengan sebuah kelompok sel di bawah naungan gereja SIB Likas. Pemimpin terawal adalah mendiang Dkn Jeffry Lim dan isteri Dkns Judy Liman, mendiang Penatua Nicholas Linggu dan isteri Dkns Stella Gabing, mendiang Dkn David Ranggis dan isteri Dkn Jonika Gabu, Dkns Emis Emis dan keluarga dan beberapa orang yang lain seperti Penatua Charlie Balatik, David Ebin yang melayani kelompok sel pada masa itu yang tinggal sekitar Pekan Donggongon.

Kelompok sel pada masa itu telah dimulakan dengan iman oleh pemimpin terawal untuk mengumpul jemaat SIB yang berasal dari pelbagai daerah yang bekerja atau menetap di sekitar pekan Donggongon dan juga untuk menjangkau jiwa-jiwa penduduk Penampang yang belum pernah berpeluang mendengar tentang Injil Kristus.

Selama 12 tahun dari tahun 1984 sehingga menjelang tahun 2000, kelompok sel ini mengadakan persekutuan doa kelompok sel; dan jemaat masih beribadah pada hari Minggu di Gereja SIB Likas.

Hanya pada 1 September 2001, kelompok sel tersebut telah berkembang dan diistiharkan sebagai sebuah gereja lokal yang mandiri yang disempurnakan oleh Pastor Raphael Biun, Setiausahan Agung SIB Sabah pada masa itu; dan dikenali sebagai Gereja SIB Donggongon hingga ke hari ini.